しかし、後亀山天皇の努力もむなしく、和平の約束のひとつであった、『天皇は両統から交互に』の破棄に決着をつけるかのように後小松天皇は１４１２年、御子に譲位してしまったのでした。称光天皇の誕生でした。
後亀山天皇は、これに対抗し、伊勢の北畠満雅（みつまさ）を挙兵させましたが、その力は弱々しく、とても南朝再興とまではいきませんでした。その後、後亀山天皇は吉野に１４１６年まで滞在しましたが、望みむなしく嵯峨野へ戻ったのでした。
しかし、やがて死亡した天皇の後継として後花園天皇が即位し、皇位継承の希望が失われ、しかも頼りとする北畠満雅が伊勢守護土岐持頼に破れ敗死すると、空しく帰京したのでした。嵯峨野に戻った聖承は、幕府から冷遇され、餓死寸前にまでも貧しい生活を続けました。
さて、この事件の陰の主役は小倉宮聖承の遺児小倉宮教尊でした。かれはこの事件の後、隠岐流罪となり、その後の消息は不明となりました。
１３９０年、楠木右馬頭、１４２９年、楠木光正、１４３７年、楠木兄弟、１４４７年楠木雅楽助、１４６０年楠木某．．．と、わずかばかりの反逆の記録を残して。一方新田氏のほうも信濃、奥州、箱根、相模などでの戦跡があるもののいずれも破れ死亡し、ほとんど族滅してしまったのでした。
１４７１年８月、その頃京都は応仁の乱に明け暮れていたのですが、東軍の細川方に天皇はじめ上皇も将軍も奉じられていたた山名軍は大義明文に苦慮しておりました。そこで故事に習い、南朝の小倉宮の系列で大和越智の壷坂寺にいた皇子を奉じ南北朝の対立になぞらえる形式をとりましたが、単に形式上の問題であり、人々が興味を失った時点で、その存在価値も失われ戦乱の終息とともに宮の行方すら不明となりました。
その後、南朝の皇族も臣僚も史上から完全に消滅し時代はやがて戦国の動乱を迎えようとしていたのでした。